Endonezya, zengin ve çeşitli bir tarihi mirasa sahip 17,000'den fazla adadan oluşan bir arkipelago'dur. Endonezya'nın tarihi 2000 yılı aşkın bir süreyi kapsar ve birçok kültürel, ekonomik ve politik değişimi içerir.
Modern Endonezya topraklarındaki antik yerleşimler, ilk tarımcıların tarımı geliştirmeye başladığı neolitik döneme kadar uzanır. Mezarlar ve aletler gibi arkeolojik buluntular, M.Ö. 1. yüzyılda karmaşık toplumların varlığını göstermektedir.
M.S. 4. yüzyıldan itibaren Endonezya, Çin ile Hindistan arasındaki önemli bir ticaret rotası haline gelmiş ve bu durum kültürel alışverişlere ve Budizm ile Hinduizm'in yayılmasına yol açmıştır. Arkipelag üzerindeki ilk büyük devletlerden biri, 7. yüzyılda Java'da kurulan Mataram'dı; ardından, Srivijaya ve Majapahit gibi devletler geldi.
14. yüzyıldan itibaren Endonezya'da İslamlaşma süreci başlamıştır. İslam, yerel halk arasında hızla yayılmış ve 16. yüzyıla gelindiğinde, Java da dahil olmak üzere çoğu adada kabul edilmiştir. Bu durum, Majapahit Sultanlığı ve Demak Sultanlığı gibi yeni sultanlıkların kurulmasına yol açmıştır.
16. yüzyılın başlarında, Portekiz ve İspanya gibi Avrupa sömürge güçleri, yeni ticaret yolları ve kaynaklar arayarak Endonezya'yı kolonize etmeye başladılar. Ancak, en büyük etkiyi 1602'de Doğu Hindistan Şirketi'ni kuran Hollanda yapmıştır. Hollandalılar, birçok adanın kontrolünü yavaş yavaş ele geçirmiş ve 19. yüzyıla gelindiğinde neredeyse tüm Endonezya onların yönetimi altındaydı.
Sömürge dönemi, doğal kaynakların sömürülmesi ve yerel halka karşı sert önlemlerle karakterize edilmiştir; bu durum, 20. yüzyılın başlarında milliyetçi hareketlerin artmasına yol açmıştır.
İkinci Dünya Savaşı, Endonezya'nın bağımsızlık hareketi için bir katalizör oldu. Japonya'nın işgali (1942-1945) sonrasında Sukarno ve Mohammad Hatta gibi yerel liderler, 17 Ağustos 1945'te Endonezya'nın bağımsızlığını ilan ettiler. Ancak Hollanda, kolonilerini geri almak için çaba göstermiş ve bu durum bağımsızlık için kanlı bir savaşa yol açmıştır.
Dört yıllık bir çatışma ve uluslararası baskının ardından Hollanda, 1949 yılında Endonezya'nın bağımsızlığını tanımıştır. Sukarno, ülkenin ilk cumhurbaşkanı olmuştur.
1950'ler ve 1960'larda Endonezya ekonomik zorluklar ve politik istikrarsızlık yaşamıştır. 1965'te bir askeri darbe olmuş ve General Suharto iktidara gelmiştir. Suharto, neredeyse 30 yıl süren otoriter bir rejim kurmuştur.
Suharto döneminde Endonezya ekonomik büyüme sağlamış, ancak aynı zamanda insan hakları ihlalleri ve politik muhalefetin bastırılması yaşanmıştır. Suharto, 1998 yılında kitlesel protestolar ve ekonomik kriz sonucunda istifa etmiştir.
Suharto'nun istifasından sonra Endonezya demokrasiye geçiş yapmaya başlamıştır. Serbest seçimler yapılmış ve ülke yeni bir anayasayı kabul etmiştir. Son yirmi yılda Endonezya, istikrarlı ekonomik büyüme göstermekte ve uluslararası ilişkilerde aktif bir rol oynamaktadır.
Yine de, Endonezya yolsuzluk, eşitsizlik ve çevresel sorunlar gibi çeşitli zorluklarla karşı karşıyadır. Endonezyalı toplum, 300'den fazla etnik grup ve birçok dil ile çeşitlilik göstermektedir.
Endonezya'nın tarihi, mücadele, çeşitlilik ve değişim hikayesidir. Antik krallıklardan modern demokratik bir devlete geçiş sürecinde, Endonezya gelişmeye ve dünya kültürü ile ekonomisine katkıda bulunmaya devam etmektedir.