Çek Cumhuriyeti, Kutsal Roma İmparatorluğu'nun bir parçası olarak, Orta Avrupa tarihindeki önemli bir rol oynamıştır. Bu dönem, Çek topraklarının birleşmeye başladığı IX. yüzyıldan XVIII. yüzyılın başına kadar neredeyse bin yılı kapsamaktadır. Bu zaman zarfında, Çek tarihine derin izler bırakan siyasi, ekonomik ve kültürel alanlarda önemli değişiklikler yaşanmıştır.
IX. yüzyılda günümüz Çek Cumhuriyeti topraklarında ilk devletler oluşmaya başlamıştır. Bunlardan en bilinenleri, IX. yüzyılın sonuna kadar varlığını sürdüren ve komşu toprakları etkileyen Büyük Moravya Prensliği'dir. 870 yılında Prens Spytihněv'in yönetiminde Hristiyanlığın kabul edilmesi ve devletin kurulması ile birlikte Hristiyanlaştırma ve güç merkezileşme süreci başlamıştır.
935 yılında, Çek Cumhuriyeti'nin aziz koruyucusu haline gelen Prens Václav I, öldürülmüş ve bu ölüm siyasi istikrarsızlık döneminin başlangıcını işaret etmiştir. Ancak, Václav ve kardeşi Boleslav I, Çek ulusal birliğinin sembolleri ve Çek devletinin oluşumundaki önemli figürler haline gelmiştir.
XII. yüzyıldan itibaren Çek Cumhuriyeti, Kutsal Roma İmparatorluğu'na entegre olmaya başladı ve bu olay, siyasi ve kültürel gelişiminde önemli bir aşamayı temsil etti. 1212 yılında Çek Kralı Přemysl Otakar I, İmparator Friedrich II'nden kraliyet tacını aldı ve bu, Çek Krallığı ile imparatorluk arasındaki bağları güçlendirdi. Çek Cumhuriyeti, stratejik konumu ve ekonomik potansiyeli sayesinde imparatorluğun önemli bir parçası haline geldi.
Bu dönemde şehirlerin gelişimi, ticaretin ve ekonominin büyümesi başladı. Prag, başkent olarak hızla önemli bir kültürel ve ticari merkez haline geldi. Çek Cumhuriyeti'nin imparatorluk işlerine katılımı, gelişim için yeni fırsatlar açtı; ancak bu aynı zamanda yerel yönetimlerin özerklik ve hakları için mücadeleye de yol açtı.
XIV. yüzyılda Çek Cumhuriyeti, Kutsal Roma İmparatorluğu'nun imparatoru haline gelen Kral IV. Charles'ın yönetimi altında bir gelişim dönemi yaşadı. IV. Charles, Çek Cumhuriyeti'nin konumunu önemli ölçüde güçlendirdi, imparatorluğun başkentini Prag'a taşıdı ve 1348 yılında Charles Üniversitesi'ni kurdu. Bu üniversite, Orta Avrupa'daki ilk üniversitelerden biri haline geldi ve eğitim ile bilim alanında kilit bir rol oynadı.
Çek Cumhuriyeti'nin kültürel yaşamı, özellikle mimari ve sanatta, parlayan bir dönem yaşadı. Gotik tarzı, Saint Vitus Katedrali gibi önemli yapıları inşa etmesiyle hakim hale geldi. IV. Charles'ın desteği, Çek dilinin ve edebiyatın gelişimine katkı sağladı ve bu da ulusal kimliğin gelişmesine olanak tanıdı.
Ancak, Kutsal Roma İmparatorluğu dönemi Çek Cumhuriyeti için her zaman sakin geçmedi. XIV. yüzyılın sonu ile XV. yüzyılın başında, dini ve sosyal değişikliklerle ilgili çatışmalar başladı. 1419'daki Husi isyanları, sosyal eşitsizlik ve kilisede yolsuzluk nedeniyle halkın hoşnutsuzluğunun bir yansıması oldu.
Jan Hus'un öğretilerine dayanan Husi hareketi, reform çağrısında bulundu ve kilisenin politikasının değiştirilmesi gerektiğini savundu. Husiler, Katolik kilisesine ve onun topluma olan etkisine karşı savaşırken, bu savaşlar Husi Savaşları olarak bilinen bir dizi savaşa yol açtı (1419–1434). Bu çatışmalar, Çek toplumu, kültürü ve dini yaşamı üzerinde önemli bir etki yarattı.
Husi Savaşları'nın sona ermesinin ardından, Çek Cumhuriyeti tekrar Katolik Kilisesi'nin bir parçası haline gelmiş olsa da, Husi fikirleri toplumsal yaşam üzerinde etkili olmaya devam etti. XV. yüzyılın sonları ve XVI. yüzyılın başında Rönesans ile bağlantılı olarak Çek Cumhuriyeti'nde önemli dini ve kültürel değişiklikler meydana geldi. Hümanizm ve yeni felsefi fikirler, Çek kültürüne sızmaya başladı ve bu da eğitim ve sanatın yenilenmesine katkı sağladı.
Bu dönemde ticaretin genişlemesi ve şehirlerin güçlenmesi de başladı. Prag, sergiler, tiyatro gösterimleri ve bilimsel tartışmaların yapıldığı önemli bir kültürel merkez olmaya devam etti. Bu dönem, Çek tarihindeki yeni bir çağın başlangıcını, ülkenin Avrupa'daki yerini anlamaya başladığı bir zaman dilimini oluşturdu.
Ancak, huzur uzun sürmedi. XVII. yüzyılın başlarında Çek Cumhuriyeti, Avrupa tarihindeki en yıkıcı çatışmalardan biri olan Kırk Yıl Savaşı'nın (1618–1648) ortasında bulundu. 1618'de Habsburglar'a karşı yapılan isyan, savaşın nedeni oldu ve bu süreçte Çek Cumhuriyeti ağır şekilde zarar gördü. Savaş, nüfus kaybı ve ekonominin çöküşü gibi büyük kayıplara yol açtı.
Savaşın sona ermesinin ardından Çek Cumhuriyeti birçok ayrıcalığını kaybetti ve Katolik Kilisesi etkisini yeniden tesis etti. Habsburg monarşisi, Çek toprakları üzerinde sert bir kontrol kurdu ve bu da kültürel ve dini baskılara yol açtı. Önümüzdeki on yıllar boyunca Çek Cumhuriyeti, Habsburglar'ın kontrolünde kaldı ve bu durum onun gelişimi üzerinde uzun süreli bir etki bıraktı.
Kutsal Roma İmparatorluğu dönemi, Çek Cumhuriyeti'nin siyasi, ekonomik ve kültürel kimliğini belirleyen önemli bir çağ olmuştur. Sayısız zorluk ve çatışmalara rağmen, bu dönem Çek ulusal bilinci ve kimliğinin şekillenmesinde temel bir rol oynamıştır. Bu dönemde Çek tarihinin, Orta Avrupa'daki gelişmelerle iç içe geçtiğini anlamak önemlidir; bu da Çek Cumhuriyeti'ni kıtanın tarihi süreçlerinde kilit bir oyuncu haline getirmiştir.