Günümüz Moldova toprakları çok eski zamanlardan beri insanlar tarafından yerleşilmiştir. Arkeolojik buluntular, ilk yerleşimlerin burada 10.000 yıl kadar önce ortaya çıktığını göstermektedir. Modern Moldova, Romanya ve Ukrayna topraklarında gelişen Starcheva-Kriş ve Cucuteni-Tripeolian kültürleri önemli bir iz bırakmıştır. Bu antik topluluklar tarım, hayvancılık, avcılık ve balıkçılıkla uğraşmaktaydılar.
Geç Neolitik döneminde Moldova topraklarında zanaat gelişmiş ve sosyal farklılaşma başlamıştır. İlk yerleşimlerin, kale tipi yerleşim yerleri olarak organize olması, karmaşık bir sosyal yapının ve gelişmiş ticaretin olduğunu göstermektedir. Bu kültürler, seramik eserler, ritüel objeler ve süs eşyaları gibi eşsiz eserler bırakmıştır.
M.Ö. 1. binyılda, günümüz Moldova topraklarına çeşitli göçebe topluluklar girmeye başladı. Burada, Frigyalılar ve sonrasında Getler ile Daclar gibi kabileler ortaya çıktı. Bu topluluklar, Karadeniz'deki Yunan kolonileriyle temas kurarak kültürel ve ticari alışverişi teşvik etti. Zamanla, günümüz Moldova topraklarında Getler ve Daclar yerleşimlerini güçlendirerek, kültürleri yerel geleneklerin ve Yunan medeniyetinin etkilerini birleştirmeye başladı.
M.Ö. 2. yüzyıl ve M.S. 1. yüzyılın başlarında, bölge yavaş yavaş Roma İmparatorluğu'nun etkisi altına girmeye başladı. Romalılar, bölgenin ekonomik ve siyasi sisteme entegrasyonunu sağlayan tahkim edilmiş kamplar ve yollar inşa etti. Roma İmparatoru Trajan'ın M.S. 106'da Dacia Krallığı'nı fethetmesinin ardından, günümüz Moldova toprakları bir süreliğine Roma'nın kontrolüne geçti ve bu durum Roma kültürü, dili ve inşaat tekniklerinin unsurlarını beraberinde getirdi.
Büyük Göç Dönemi'nde, bu bölge çeşitli göçebe kabilelerin sık sık akınlarına maruz kaldı. 4. yüzyıldan itibaren, burada Gotlar, Hunlar, Avarlar ve Slav kabileleri ortaya çıkmaya başladı. 9. yüzyılın sonlarına gelindiğinde, Moldova toprakları yavaş yavaş Kiev Rusya'sının etkisi altına girmeye başladı ve daha sonra Haliç-Volin Prensliği'nin etkisi altına girdi.
14. yüzyılda Karpatlar ile Dniester arasında Moldova Prensliği kuruldu ve bunun kurucusu olarak Voyvoda Dragoș kabul edilmektedir. Onun haleflerinden Voyvoda Bogdan I, prensliğin Macaristan'dan bağımsızlığını güçlendirdi. Bogdan I, bağımsız Moldova Prensliği'nin kurucusu olarak kabul edilmekte olup, onun yönetimiyle birlikte devletin bağımsızlık tarihi başlamaktadır.
15. yüzyılın ikinci yarısında Moldova Prensliği'nin başında, ülkede en tanınmış ve saygı duyulan yöneticilerden biri olan Ştefan III Cel Mare bulunmaktadır. Devleti güçlendirmeyi, topraklarını genişletmeyi ve Osmanlı İmparatorluğu, Polonya ve Macaristan'dan gelen tehditlere karşı başarılı bir şekilde karşı koymayı başardı. Ştefan, merkezi otoriteyi güçlendirmek amacıyla bir dizi reform gerçekleştirmiş ve akınlara karşı savunma için birçok kalenin inşasını gerçekleştirmiştir.
Ştefan Cel Mare ayrıca kültür ve Ortodoks inancının gelişimine büyük katkılarda bulunmuştur. Yönetimi döneminde, Moldova mimarisinin zirve örnekleri olarak kabul edilen birçok manastır ve kilise inşa edilmiştir. Devlete ve millete olan hizmetlerinden dolayı Ştefan, "Büyük" unvanını almış ve Ortodoks kilisesi tarafından aziz ilan edilmiştir.
Ştefan Cel Mare'nın ölümünden sonra, 15. yüzyılın sonunda Moldova Prensliği, Osmanlı İmparatorluğu'nun artan baskısıyla karşı karşıya kalmıştır. 16. yüzyılın başlarında, prenslik sultana vasallık bağımlılığını kabul ederek, egemenlikte sınırlamalara ve vergi ödemeye tabi olmuştur. Ancak Moldova hükümdarları, iç işleri yönetme ve kültürel ve dini gelenekleri sürdürme konusunda önemli bir özerklik sağlamışlardır.
Sonraki yüzyıllar boyunca Moldova, Osmanlı İmparatorluğu'nun himayesi altında kalmış, ancak yönetiminde görece bağımsızlık elde etmiştir. Sürekli savaşlar ve tehditlere rağmen, prenslik kendi kültürünü, dilini ve geleneklerini korumayı başarmıştır. Bu dönemde burada sanat, edebiyat ve zanaat gelişerek Moldova ulusal kimliğinin oluşumuna zemin hazırlamıştır.
18. yüzyılın sonları ve 19. yüzyılın başlarında Osmanlı İmparatorluğu bölgede etkisini kaybetmeye başlamıştır. Rus-Türk savaşlarının sonucunda Moldova Prensliği, Rus İmparatorluğu'nun kontrolüne geçmiş ve 1812'de Bükreş Antlaşması ile prensliğin doğu kısmı (Prut ve Dnister nehirleri arasındaki topraklar) Rusya’ya geçerek yeni bir eyalet olan Bessarabia'yı oluşturmuştur.
Rus İmparatorluğu altında Bessarabia, Moldova dilinin kullanımı ve kısmi özerklik gibi bazı ayrıcalıklar elde etmiştir. Ancak zamanla, Ruslaştırma politikası ağırlaşmış ve Moldova halkının haklarında kısıtlamalara neden olmuştur. Buna karşılık olarak, bölgede ulusal kimliğin korunması ve kültürel geleneklerin yeniden canlandırılması için hareketler ortaya çıkmıştır.
Birinci Dünya Savaşı'nın sona ermesi ve Rusya'daki devrimden sonra Bessarabia bağımsızlığını ilan etmiş ve ardından 1918’de Romanya’ya katılmıştır. Bu adım, ortak kültür ve dil temelinde Romanya ile birleşmeyi arzulayan yerel halk tarafından desteklenmiştir. Ancak bu eylem, Bessarabia'nın iltihakını tanımayan Sovyet Rusya ile ilişkilerde gerginliğe neden olmuştur.
İki dünya savaşı arasında Bessarabia, Romanya’ya bağlı kalmış ve bu durum, bölgenin ülkenin ekonomik ve siyasi sistemine entegrasyonunu teşvik etmiştir. Bu dönemde tarım, eğitim ve altyapı gelişimine yönelik adımlar atılmış, fakat bölge hâlâ çoğunlukla tarımsal bir yapıda kalmıştır.
1940 yılında, Molotov-Ribbentrop Paktı'nın imzalanmasının ardından Sovyetler Birliği Romanya’ya bir ültimatom vermiş ve Bessarabia’yı geri vermesini talep etmiştir. Romanya, bu talebe uymak zorunda kalmış ve Bessarabia toprakları Sovyetler Birliği'ne katılarak Moldova Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti (MSSR) oluşturulmuştur.
Savaştan sonraki dönemde MSSR, yoğun bir Sovyetleştirilme sürecine maruz kalmış, bu da ulusal kültürün baskılanmasına ve Sovyet değerlerinin yerleştirilmesine neden olmuştur. Aynı zamanda sanayi geliştirilmiş, yeni işletmeler, yollar ve konutlar inşa edilmiştir. Ruslaştırma çabalarına rağmen, Moldova kültürü ve dili varlığını sürdürmüş ve gelişmeye devam etmiştir; ancak bu, Sovyet otoritelerinin sıkı kontrolü altında gerçekleşmiştir.
1980'lerin sonlarında Sovyetler Birliği'nde gerçekleştirilmekte olan yeniden yapılandırma ve demokratikleşme süreçleri, ulusal hareketlerin canlanmasına yol açmıştır. 1991 yılında Moldova bağımsızlığını ilan etmiş ve Sovyetler Birliği'nden ayrılmıştır. Bağımsızlığın ilk aşamasında ülke ekonomik zorluklar ve Transdinyester çatışması gibi sorunlarla yüzleşmiştir; bu çatışma hâlâ çözülmemiştir.
Modern Moldova, Avrupa yapılarına entegrasyona ve ulusal kimliğini güçlendirmeye yönelmektedir. Zorluklara rağmen ülke, demokratik reformlar ve ekonomik gelişim yolunda ilerlemeye devam etmekte, kendine özgü kültürü ve tarihini korumaktadır.
Moldova Tarihi, antik medeniyetlerden modern bir devlete uzanan, olaylarla, zorluklarla ve başarılarla dolu uzun bir yolculuktur. Moldova halkının kültüründe ve öz bilinçlerinde eşsiz bir iz bırakmış, kendi özgünlüklerini ve vatanlarına olan gururlarını korumayı başarmıştır.