Panama'nın sömürge dönemi, İspanyol conquistadorlarının günümüzde Panama olarak bilinen topraklara ilk kez geldiği XVI. yüzyılın başında başladı. Bu dönem üç yüz yılı aşkın bir süre sürdü ve önemli sosyal, ekonomik ve kültürel değişikliklerle karakterize edildi.
1501 yılında İspanyol kaşif Alonso de Ojeda, Panama topraklarına ayak basan ilk Avrupalı oldu. 1513 yılında Vasco Núñez de Balboa, Pasifik Okyanusu'nu gören ilk kişi olarak İspanya'nın bu bölgeye olan ilgisini artırdı. Panama topraklarında ilk İspanyol yerleşimi olan Darien'i kurdu; bu durum, daha fazla sömürgeleşme için bir başlangıç noktası oldu.
Panama, kısa sürede İspanyol sömürge imparatorluğu için önemli bir ticaret merkezi haline geldi. Ülkenin Atlantik ve Pasifik okyanusları arasında stratejik konumu, ticaret ve mal taşıma için gelişmeyi teşvik etti. İspanyollar, diğer kolonilerden altın ve gümüş taşımak için Panama'yı bir geçiş noktası olarak kullandılar; örneğin, Peru gibi.
Ticaret yollarını güvence altına almak için İspanyollar kaleler ve koloniler inşa ettiler. Atlantik tarafındaki başlıca liman Panama Şehri, 1519 yılında kurulmuş olup, kısa sürede önemli bir ekonomik ve idari merkez haline geldi.
Sömürgeleşme, bölgedeki sosyal yapıda önemli değişikliklere yol açtı. İspanyollar, tarım alanlarında çalıştırmak üzere Afrika'dan köleler getirdiler; bu da Panama'nın demografik yapısını değiştirdi. Keczua ve Embera gibi yerli halklar, sert baskılara maruz kaldılar ve kültürleri ile yaşam biçimleri büyük zarar gördü.
Avrupalılar, Afrikalı köleler ve yerli halkın bir arada yaşaması, Panama kimliğinin temelini oluşturan yeni bir kültürün ortaya çıkmasına yol açtı.
İspanyollar, bölgedeki egemen din haline gelen Katolikliği beraberlerinde getirdiler. Misyonerler, yerli halk arasında Hristiyanlığı yaymak için aktif olarak çalıştılar. Kolonyal toplumun sosyal yapısının önemli bir parçası haline gelen kiliseler ve Katolik kurumlar inşa edildi.
Din, aynı zamanda bölgenin kültürel yaşamında önemli bir rol oynadı, sanat, mimari ve halk gelenekleri üzerinde etkili oldu.
Panama, 1717'de kurulan Yeni Granada Valiliği'nin bir parçasıydı ve İspanyol valileri tarafından yönetiliyordu. Bu bağlamda, yerel otoriteler ile İspanyol sömürge yöneticileri arasında güç mücadelesi yaşanıyor, bu da zaman zaman çatışmalara yol açıyordu.
Yerel elitler, yavaş yavaş iktidar ve etki kazanmaya başladılar; bu da gelecekteki bağımsızlık hareketleri için bir temel oluşturdu.
Sömürge döneminde Panama'da, hem iç hem de dış faktörlerle bağlantılı çeşitli isyanlar ve çatışmalar yaşandı. En bilinen isyanlardan biri, 1739 yılında İspanyol yönetimine karşı patlak veren isyandı; bu, ekonomik zorluklar ve yerel nüfusun talepleri tarafından tetiklendi.
Ayrıca, İspanya, İngiltere ve Fransa gibi diğer Avrupa güçlerinden gelen tehditlerle de karşılaşıyordu; bu durum, Panama'nın sömürge yönetimini de etkiliyordu.
XVIII. yüzyılın sonları ve XIX. yüzyılın başlarında Latin Amerika'da bağımsızlık hareketleri başladı. Panama da bir istisna olmadı ve yerel halk, İspanyol tahta karşı daha fazla özerklik ve bağımsızlık talep etmeye başladı. Bu süreç, 1800'lerin başındaki İspanya'nın Bağımsızlık Savaşı gibi olaylarla güçlendirildi.
1821'de Panama, nihayet İspanya'dan bağımsızlığını ilan etti ve Büyük Kolombiya'ya katıldı; bu da onun tarihinde yeni bir aşama oldu.
Panama'nın sömürge dönemi, kültürel ve sosyal mirasını şekillendiren önemli değişimlerin yaşandığı bir dönemdi. İspanyol sömürgesinin etkisi günümüzde de hissedilmektedir; ancak bu, Panama kimliğine yönelik daha fazla bağımsızlık arayışlarının ve gelişmelerin temeli haline geldi.