कोलंबिया में उपनिवेशी काल की शुरुआत XVI सदी की शुरुआत में स्पेनिश विजय के साथ हुई और यह XIX सदी की शुरुआत तक स्पेन से स्वतंत्रता की घोषणा तक जारी रहा। इस काल में देश के इतिहास में गहरे परिवर्तन का समय था, जिसमें राजनीतिक, आर्थिक और सांस्कृतिक परिवर्तन शामिल थे। स्पेनिश लोगों ने नई प्रबंधकीय formas, कैथोलिक धर्म और यूरोपीय संस्कृति को लाया, जिसका स्थानीय समुदायों और उनकी परंपराओं पर महत्वपूर्ण प्रभाव पड़ा।
1499 में स्पेनिश लोगों ने पहली बार आज के कोलंबिया के क्षेत्र में प्रवेश किया, जब अलोंसो डे ओहेदा का अभियान कैरेबियन तट की खोज कर रहा था। हालाँकि असली विजय 1530 के दशक में शुरू हुई, जब गोंसालो हाइमनेस डे केसादा ने कार्टाजेना से एंडीज के केंद्रीय भाग की ओर अभियान शुरू किया। केसादा ने उस समय की शक्तिशाली मूइस्क संस्कृति को अपने अधीन किया। 1538 में, उन्होंने सैन्टा-फे-डे-बोगोटा शहर की स्थापना की, जो नए ग्रेनाडा की राजधानी बना - जो दक्षिण अमेरिका में स्पेन के सबसे महत्वपूर्ण उपनिवेशों में से एक था।
स्पेनिश विजय स्थानीय आबादी के साथ हिंसक टकराव, पारंपरिक शक्ति संरचनाओं का विनाश और मूल निवासियों के बलात्कारी धर्मांतरण के साथ हुई। कई जनजातियाँ और संस्कृतियाँ पूरी तरह से नष्ट या समाहित हो गईं। इन प्रक्रियाओं के परिणामस्वरूप, कोलंबिया के क्षेत्र में एक नया सामाजिक समुदाय बना, जिसमें मूल निवासी, स्पेनिश और अफ्रीकी गुलाम शामिल थे, जिन्हें बागान और खान में काम करने के लिए उपनिवेश में लाया गया था।
कोलंबिया की उपनिवेशी अर्थव्यवस्था प्राकृतिक संसाधनों के दोहन और स्थानीय निवासियों तथा गुलामों के श्रम पर आधारित थी। मुख्य आर्थिक क्षेत्रों में सोने और चांदी की खनन, कृषि और व्यापार शामिल थे। स्पेनिश लोगों ने देश के उत्तर-पश्चिमी क्षेत्र में समृद्ध सोने के भंडार का सक्रियता से दोहन किया। इससे क्राउन को महत्वपूर्ण आय प्राप्त हुई, लेकिन यह बलात्कारी श्रम के व्यापक उपयोग की ओर भी बढ़ा।
एक महत्वपूर्ण आर्थिक नवाचार बड़े फार्मों - असिएंडas का निर्माण था। असिएंडas का उपयोग गन्ने, तम्बाकू, कॉफी और कपास की खेती के लिए किया जाता था। इन बागानों में काम का श्रम मूल निवासियों और अफ्रीकी गुलामों द्वारा किया जाता था। धीरे-धीरे कोलंबियाई कृषि उपनिवेश के लिए आय का मुख्य स्रोत बन गई, विशेषकर XVIII सदी में कॉफी की मांग में वृद्धि के बाद।
उपनिवेशी सामाजिक संरचना सख्त रूप से पदानुक्रमित और जातीय और वर्गीय विभाजन पर आधारित थी। समाज के शीर्ष पर स्पेनिश उपनिवेशी - क्रीओल (अमेरिका में जन्मे स्पेनिश) और पेनिनसुलारे (स्पेन में जन्मे स्पेनिश) थे। वे प्रशासन, चर्च और सेना में महत्वपूर्ण पदों पर थे। उनके पास अधिकांश भूमि और संपत्ति थी।
सामाजिक पदानुक्रम में नीचे मेटीस थे - स्पेनिश और मूल निवासियों के वंशज, जो जनसंख्या का एक महत्वपूर्ण हिस्सा थे। हालाँकि उनके पास मूल निवासियों या अफ्रीकी गुलामों की तुलना में अधिक अधिकार थे, फिर भी वे समाज में अधीनस्थ पदों पर थे। विजय के बाद, मूल निवासी, या भारतीय, अपनी अधिकांश भूमि से वंचित हो गए और स्पेनिश के लिए काम करने के लिए मजबूर हो गए। उससे भी नीचे अफ्रीकी गुलाम थे, जिन्हें बागानों और खान में काम के लिए उपनिवेश में लाया गया। उनके पास कोई अधिकार नहीं था और वे अपने मालिकों की संपत्ति थे।
कैथोलिक चर्च उपनिवेशी जीवन में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता था। विजय के बाद स्पेनिश लोगों ने मूल निवासियों के बीच कैथोलिक धर्म का सक्रिय रूप से प्रचार किया, जो उनकी सांस्कृतिक समेकन की प्रक्रिया में एक महत्वपूर्ण तत्व बन गया। मिशनरियों ने चर्चों का निर्माण किया, मठों और स्कूलों की स्थापना की, स्थानीय समुदाय को नई आस्था और स्पेनिश संस्कृति की ओर आकर्षित किया।
चर्च उपनिवेशों में राजनीतिक सत्ता के साथ घनिष्ठ रूप से संबंधित था। बिशप और पुजारी अक्सर प्रमुख पदों पर होते थे, जो उपनिवेशी जीवन के महत्वपूर्ण पहलुओं पर नियंत्रण रखते थे। कई धार्मिक आदेश, जैसे जीसुइट और फ्रांसिस्कन, शिक्षा में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते थे, स्थानीय बच्चों को पढ़ाते थे और उन्हें यूरोपीय मूल्यों का संचार करते थे। कैथोलिक धर्म ने स्पेनिश लोगों को मूल निवासियों पर अपने प्रभुत्व को औचित्य प्रदान करने में भी मदद की, उनके धर्मांतरण को "आत्माओं के उद्धार के लिए मिशन" के रूप में दर्शाते हुए।
उपनिवेशी काल एक सांस्कृतिक मिश्रण का समय बन गया, जब स्पेनिश संस्कृति, धर्म और भाषा मूल निवासियों और अफ्रीकी गुलामों की परंपराओं के साथ समाहित हो गई। उस समय की वास्तुकला, कला और संगीत इस सांस्कृतिक मिश्रण को दर्शाते हैं। कोलंबियाई शहर बड़े चर्चों और प्रशासनिक भवनों के चारों ओर विकसित होने लगे, जिनका निर्माण स्पेनिश बारोक शैली में किया गया था। इनमें से कई भवन आज भी संरक्षित हैं, जो उपनिवेशी युग की ऐतिहासिक धरोहर का प्रतिनिधित्व करते हैं।
उपनिवेशी कोलंबिया में कला में धार्मिक विषयों का प्रभुत्व था। उस समय के अधिकांश चित्रकारों और मूर्तिकारों ने चर्चों और मठों के लिए कार्य किए। वेदियों की सजावट, चित्र और फ़्रेस्को का निर्माण कलात्मक जीवन के महत्वपूर्ण पहलू थे। कई स्थानीय कारीगरों ने स्पेनिश शिल्पकारों से प्रशिक्षण लिया, जिससे एक अनूठा शैली उभरा, जो यूरोपीय और स्थानीय परंपराओं को मिलाती है।
XVIII सदी के अंत तक स्पेन के उपनिवेशों, जिसमें कोलंबिया भी शामिल था, में मेट्रोपोल से कठोर नियंत्रण के खिलाफ असंतोष बढ़ने लगा। स्वतंत्रता की भावना विकसित करने में महत्वपूर्ण भूमिका ज्ञान और स्वतंत्रता के विचारों ने निभाई, जो यूरोप और अमेरिका में फैली। क्रीओल, अपनी विशेष स्थिति के बावजूद, इस बात से असंतुष्ट थे कि सत्ता स्पेन में जन्मे स्पेनिश के हाथ में थी।
पहला महत्वपूर्ण विद्रोह 1781 में हुआ और इसका नाम कॉमुनेरोस विद्रोह रखा गया। यह विद्रोह करों में वृद्धि और स्पेनिश अधिकारियों के आर्थिक दबाव के कारण हुआ। हालाँकि विद्रोह को दबा दिया गया, यह स्वतंत्रता की ओर बढ़ते मार्ग का एक महत्वपूर्ण चरण बना। 1810 में स्वतंत्रता के लिए अधिक सक्रिय आंदोलनों की शुरुआत हुई, जो 1819 में समाप्त हुई, जब सिमोन बोलिवर ने बोयाका की लड़ाई में जीत हासिल की और ग्रेट कोलंबिया की स्वतंत्रता की घोषणा की।
उपनिवेशी काल ने कोलंबिया के इतिहास में गहरा प्रभाव छोड़ा। स्पेनिश विजय और इसके बाद का उपनिवेशी शासन समाज, अर्थव्यवस्था और देश की संस्कृति को बदल दिया। आज इस समय का धरोहर कोलंबिया की वास्तुकला, भाषा, धार्मिक परंपराओं और सामाजिक संरचनाओं में देखा जा सकता है। कई चुनौतियों और विरोधाभासों के बावजूद, उपनिवेशी काल आधुनिक कोलंबियाई राष्ट्र के गठन के लिए आधार बना।