Kolombiya'daki sömürge dönemi, 16. yüzyılın başında İspanyol fetihleri ile başlamış ve 19. yüzyılın başlarında İspanya'dan bağımsızlık ilanına kadar devam etmiştir. Bu dönem, ülkede derin değişimlerin zamanını temsil ederken, politik, ekonomik ve kültürel dönüşümleri içermekteydi. İspanyollar, yönetim biçimlerini, Katolikliği ve Avrupa kültürünü beraberlerinde getirmişlerdir, bu da yerel topluluklar ve gelenekleri üzerinde önemli etkiler yaratmıştır.
1499 yılında İspanyollar, Alonso de Ojeda'nın Karayip kıyısını keşfettiği zaman modern Kolombiya topraklarına ilk kez ulaşmışlardır. Ancak gerçek fetih, 1530'larda Gonzalo Jiménez de Quesada liderliğindeki Cartagena'dan And Dağları'nın merkezine yapılan sefere ile başlamıştır. Quesada, o dönemde Kolombiya'nın en güçlü kültürlerinden biri olan Muisca medeniyetini fethetmiştir. 1538 yılında, Yeni Granada Krallığı'nın başkenti olacak olan Santa Fé de Bogotá şehrini kurmuştur. Bu, Güney Amerika'daki en önemli İspanyol kolonilerinden biridir.
İspanyol fetihleri, yerel halkla şiddetli çatışmalar, geleneksel iktidar yapıların yıkılması ve yerli halkların Katolikliğe zorla dönüştürülmesi ile birlikte gerçekleşmiştir. Birçok kabile ve kültür tamamen yok olmuş veya asimile edilmiştir. Bu süreçler sonucunda Kolombiya topraklarında, yerli halklar, İspanyollar ve plantaşlarda ve madenlerde çalışmak üzere koloniyi gelen Afrikalı kölelerden oluşan yeni bir sosyal yapı oluşmuştur.
Kolombiya'nın sömürge ekonomisi, doğal kaynakların ve yerel halk ile kölelerin çalışma gücünün sömürülmesine dayanıyordu. Ana ekonomik sektörler altın ve gümüş madenciliği, tarım ve ticaretti. İspanyollar, özellikle ülkenin kuzeybatısındaki Antioquia bölgesinde, zengin altın kaynaklarını aktif olarak sömürmüşlerdir. Bu durum, taç için önemli gelirler elde ederken, aynı zamanda köle emeğinin yaygın bir şekilde kullanılmasına da yol açmıştır.
En önemli ekonomik yeniliklerden biri, büyük çiftliklerin — asiyendaların kurulmasıdır. Asiyendalar, şeker kamışı, tütün, kahve ve pamuk yetiştirmek için kullanıldı. Bu plantaşlarda yapılan iş, hem yerli halk hem de Afrikalı köleler tarafından gerçekleştirildi. Kolombiya tarımı, 18. yüzyılda kahveye olan talebin artmasıyla birlikte, koloninin ana gelir kaynağı haline gelmiştir.
Sömürge dönemi sosyal yapısı, katı bir hiyerarşi ile karakterize edilmekte olup, ırksal ve sınıfsal ayrımlara dayanmaktaydı. Toplumun zirvesinde İspanyol kolonizatörler — kreoller (Amerika'da doğan İspanyollar) ve penisularlar (İspanya'da doğan İspanyollar) yer almaktaydı. Anahtar pozisyonlarda, yönetim, kilise ve ordu ile ilgili görevlerde bulunuyorlardı. Toprakların ve zenginliklerin büyük bir kısmına sahiptiler.
Sosyal hiyerarşinin altında metisler — İspanyollar ve yerli halkların soyundan gelenler bulunmaktaydı, bunlar nüfusun önemli bir kısmını oluşturuyordu. Yerli halklar veya Kızılderililer, fetih sonrasında çoğu topraklarından mahrum kalmış ve İspanyollar için çalışmak zorunda kalmışlardır. Hiyerarşinin daha altında ise, plantaşlarda ve madenlerde çalışmak üzere koloniyi getirilmiş Afrikalı köleler bulunmaktadır. Onlar hiç bir hakka sahip değildi ve sahiplerinin mülküydü.
Katolik kilisesi, sömürge yaşamında anahtar bir rol oynamıştır. Fetihlerden sonra, İspanyollar yerli halk arasında Katolikliği yaymaya aktif olarak başlamışlar, bu da kültürel asimilasyon süreçlerinde önemli bir unsur olmuştur. Misyonerler kiliseler inşa etmiş, manastırlar ve okullar kurmuş, yerel halkı yeni inanca ve İspanyol kültürüne çekmişlerdir.
Kilise ayrıca kolonilerdeki siyasi güç ile de sıkı bir ilişki içerisindeydi. Piskoposlar ve rahipler sıkça etkili pozisyonlar alarak, koloniyal yaşamın önemli yönlerini kontrol ediyorlardı. İsaçılar ve Fransızkânlar gibi birçok dini topluluk, yerel çocukları eğitmekte ve onlara Avrupa değerlerini aşılamakta önemli rol oynamıştır. Katoliklik, İspanyollara yerli halk üzerindeki egemenliklerini haklı çıkarmalarında yardımcı olmuş, onları dönüşüme «ruhları kurtarma misyonu» olarak göstermiştir.
Sömürge dönemi, İspanyol kültürünün, dininin ve dilinin yerli halk ve Afrikalı kölelerin gelenekleriyle iç içe geçtiği kültürel bir karışım zamanını temsil etmiştir. O döneme ait mimari, sanat ve müzik bu kültürlerin karışımını yansıtmaktadır. Kolombiya şehirleri, İspanyol barok tarzında inşa edilen büyük kiliselerin ve idari binaların etrafında büyümeye başlamıştır. Bu binalardan birçokları günümüze kadar korunmuş ve sömürge döneminin tarihi mirasını temsil etmektedir.
Kolombiya'nın sömürge döneminde sanatta dini temalar hakim olmuştur. O dönemin çoğu sanatçı ve heykeltıraşı kiliselere ve manastırlara eserler yaratmıştır. Aaltar süslemeleri, ikon oluşturma ve freskler, sanatsal yaşamın önemli yönleri olmuştur. Birçok yerel ustası İspanyol zanaatkarlarından eğitim almış ve bu da Avrupa ve yerel gelenekleri bir araya getiren benzersiz bir tarzın ortaya çıkmasına yol açmıştır.
18. yüzyılın sonlarına doğru, Kolombiya da dahil olmak üzere İspanya'nın kolonilerinde, metropolün sert kontrolüne karşı hoşnutsuzluk artmaya başlamıştır. Bağımsızlık eğilimlerinin gelişiminde aydınlanma ve özgürlük fikirleri, Avrupa ve Amerika'da yayılmakta önemli bir rol oynamıştır. Kreoller, ayrıcalıklı konumlarına rağmen, iktidarın İber Yarımadasında doğan İspanyolların elinde kalmasından rahatsızlık duymuşlardır.
İlk önemli isyan 1781 yılında gerçekleşmiş ve Comuneros İsyanı olarak adlandırılmıştır. İsyan, İspanyol otoriteleri tarafından uygulanan vergi artışları ve ekonomik baskılarla tetiklenmiştir. İsyan bastırılsa da, bağımsızlık yolunda önemli bir aşama olmuştur. 1810 yılında bağımsızlık hareketleri daha aktif hale gelmiş ve 1819 yılında Simón Bolívar’ın Boyacá Savaşı’ndaki zaferi ile Büyük Kolombiya’nın bağımsızlığı ilan edilmiştir.
Sömürge dönemi, Kolombiya tarihine derin izler bırakmıştır. İspanyol fetihleri ve sonraki sömürge yönetimi, toplumu, ekonomiyi ve ülkenin kültürünü dönüştürmüştür. Bugün bu dönemin mirasını Kolombiya'nın mimarisinde, dilinde, dini geleneklerinde ve sosyal yapılarında görmek mümkündür. Birçok zorluk ve çelişkiye rağmen, sömürge dönemi, modern Kolombiya ulusunun şekillenmesinin temelini oluşturmuştur.