دورهای که پاناما بخشی از گرانادای جدید بود (از 1821 تا 1903) مرحلهای مهم در تاریخ کشور است. این زمان با تغییرات سیاسی، اجتماعی و اقتصادی و همچنین مبارزه برای استقلال و خودمختاری مشخص شده است.
پس از کسب استقلال از اسپانیا در سال 1821، پاناما به کلمبیای بزرگ، اتحادیه سیاسی که شامل کشورهای کنونی کلمبیا، ونزوئلا، اکوادور و پاناما بود، ملحق شد. اما در سال 1826، کلمبیای بزرگ به گرانادای جدید تغییر شکل داد و پاناما یکی از مناطق آن شد.
این اتحادیه به دلیل نیاز به توسعه اقتصادی و حفاظت در برابر تهدیدات خارجی ایجاد شد. گرانادای جدید به دنبال ایجاد یک دولت قوی برای تأمین ثبات در منطقه بود.
در دوره وجود گرانادای جدید، پاناما از پایتخت، بوگوتا، اداره میشد و فرمانداران محلی غالباً از قدرت مرکزی منصوب میشدند. این فاصلهای میان جمعیت محلی و مرکز قدرت ایجاد کرد که گاهی اوقات به نارضایتی و اعتراضات منجر میشد.
در سال 1858، پاناما وضعیت یک دپارتمان جداگانه را در گرانادای جدید به دست آورد که به مقامات محلی اجازه داد کمی از خودمختاری خود را افزایش دهند. با این حال، قدرت مرکزی همچنان نیروی غالب باقی ماند و این موضوع باعث ادامه تنشها شد.
اقتصاد پاناما در آن زمان بر اساس کشاورزی، تولید و بازرگانی استوار بود. قهوه، توتون و شکر از جمله کالاهای صادراتی اصلی بودند. با این حال، با توجه به موقعیت استراتژیک پاناما، بسیاری از منافع اقتصادی بر روی مسیرهای دریایی آن متمرکز شده بود.
در سال 1846 بین ایالات متحده و گرانادای جدید معاهده بیوکِنن امضا شد که به ایالات متحده حقوق ساخت کانالی از طریق پاناما را میداد. این معاهده تأثیر قابل توجهی بر اقتصاد و سیاست منطقه گذاشت و مقدمات مداخله ایالات متحده در امور پاناما را فراهم کرد.
زندگی فرهنگی پاناما در ترکیب گرانادای جدید متنوع بود. جمعیت محلی، استعمارگران اسپانیایی و بردگان آفریقایی مخلوط شدند و فرهنگی منحصر به فرد در پاناما ایجاد کردند. در این زمان، سنتهای مربوط به موسیقی، رقص و آشپزی توسعه یافت که بعدها به پایهای برای هویت ملی تبدیل شد.
مذهب و آموزش نقش مهمی ایفا کردند. کلیسای کاتولیک همچنان بر زندگی اجتماعی تأثیر میگذاشت، در حالی که ظهور مؤسسات آموزشی به افزایش سطح سواد و توسعه نخبگان محلی کمک کرد.
با وجود وجود خودمختاری مشخص، نارضایتی جمعیت محلی همچنان رو به افزایش بود. در سال 1856، تعارض با مأموریتهای آمریکایی پیش آمد که به وخامت روابط با قدرت مرکزی منجر شد. شورشها علیه گرانادای جدید در سالهای 1861 و 1872 شعلهور شد، اما سرکوب گردیدند.
وضعیت با مشکلات اقتصادی و افزایش نفوذ ایالات متحده در منطقه تشدید شد که موجب خشم پاناماییها و تمایل آنها به استقلال گردید.
در پایان قرن نوزدهم، تمایل به استقلال تشدید شد. پاناما شروع به ابراز علاقه به زندگی مستقل کرد. در سال 1903، با استفاده از درگیریهای داخلی در گرانادای جدید، پاناما استقلال خود را با حمایت ایالات متحده اعلام کرد که این امر گامی تعیینکننده به سمت شکلگیری یک دولت مستقل بود.
این رویداد نقطه عطفی در تاریخ پاناما بود و فرصتهای جدیدی برای توسعه اقتصادی و سیاسی آن ایجاد کرد.
دوره پاناما در ترکیب گرانادای جدید زمان تغییرات قابل توجه، منازعات اجتماعی و مبارزه برای خودمختاری بود. این دوره پایهای برای شکلگیری هویت پانامایی شد و نقش مهمی در توسعه بعدی کشور ایفا کرد. به دلیل تمایلات به استقلال، پاناما توانست به عنوان یک دولت مستقل تأسیس شود که تأثیرات طولانی مدتی بر تاریخ و فرهنگ آن داشت.